يهدف القسم الداخلي في كلية المنار للعلوم الطبية الى خلق بيئة علمية مناسبة للطلبة لتساعدهم على القيام بمهامهم الدراسية وتمتين العلاقة بين الطلبة وتعريفهم بواجباتهم وحقوقهم وتوجيههم بتسيير امورهم ذاتياً في محيط القسم الداخلي ، كما يقوم القسم الداخلي بتطوير مهارات وقابليات الطلبة وتشجيعها من خلال النشاطات الفنية والثقافية والبدنية .